Ninja Assassin este povestea lui Raizo, un asasin ninja. Clanul Ozunu, o societate secreta a carei existenta este considerata un mit, l-a luat de mic copil de pe strazi si l-au transformat intr-un ucigas expert. Dar uciderea prietenului lui cel mai bun de catre clan il determina pe acesta sa intoarca spatele clanului pentru a se razbuna. In Berlin, agentul Europol Mika Coretti investigheaza transferul unor bani care au fost folositi pentru a plati asasinate politice din Orientul Indepartat. Sfidand ordinele superiorilor sai, Mika descopera cine sunt adevaratii responsabili pentru aceste asasinate. Descoperirile sale o transforma intr-o tinta vie, dar ea este salvata in ultimul moment de Raizo, care stie ca ei nu vor permite niciodata ca ea sa ramana in viata. Prins la mijlocul unui joc mortal de-a soarecele si pisica, Raizo si Mika trebuie sa colaboreze daca spera sa ramana in viata si sa distruga Clanul Ozunu odata pentru totdeauna.